Konnert Márton „orgona tsináló” 1808-ban igazította a hangszert, majd 1839-ben újból nagyjavításon esett át az orgona, Szentgyörgyi Bálint megragasztotta a szélládát, megtisztította, intonálta és hangolta a sípokat.
1851-ben a Kétágú templom felszentelésének ünnepségére áthozták a régi fatemplomból a barokk orgonát is. A presbitérium már akkor megállapította, hogy „múlhatatlanul megkívántatik díszes, új orgona felállítása”. Erre azonban még 90 évet kellet várni. Közben 1878-ban az orgonát elöljátszóvá alakították át, a billentyűzetet változtatás nélkül átszerelték. Újbóli javítására 1892-ben került sor.
Ez idő alatt a régi barokk orgona hűséggel szolgálta a gyülekezeti éneklést, annak ellenére, hogy nem lehetett az „öreg jószágon” művészi színvonalon játszani. Nagy Kálmán egykori kántor, szolgálatának 50 éves jubileumán így emlékezik vissza a régi orgonára:
„Csak azt sajnálom, hogy ennek a drága orgonának nem lehettem művészi megszólaltatója. De szolgáljon mentségül, hogy a boldogult emlékezetű Farkas Jánosné 200 éves tört oktávos, fabillentyűs – de nekem nagyon drága és kedves – orgonáján 35 év alatt nem tudtam tudásomat művészi színvonalra emelni.”
1941-ben, az új orgona felállításakor még működőképes állapotban volt a barokk orgona is. Ekkor a szélládát és a sípsorokat az Erdélyi Múzeum Egyesület vásárolta meg az egyházközségtől. Hogy valójában mi történt ezután az orgonával, azt nem sikerült pontosan kideríteni. A Történelmi Múzeum valóban elvitte, de a háborús idők miatt az orgona az udvaron hányódott sokáig, az eső ütötte, a nap sütötte. Később a római kőtárba került. Amikor a hóstátiak látták az orgona szomorú sorsát, visszahozták a Kétágú templomba.
A következő írásos feljegyzés 1977-ből való. Ekkor Valádi György lelkész jelentette, hogy a Magyar utcai templomban az orgonának csak a szekrénye van meg 24 db. gravírozott homlokzati síppal. Az orgonának a múzeumból visszakerült többi részét (három változat kb. száz fasípját és néhány eredeti ónsípot) a Pata utcai imaházba szállították. Itt lelkes egyháztagok próbálták egy új orgonaházba átültetve ismét életre kelteni, de sikertelenül.
A Pata utcából az orgona darabjai a bethleni egyházközséghez kerültek, majd innen a magyarnemegyei gyülekezethez. Időközben sok átalakításon ment át, de igazán hasznát sehol sem tudták venni. 1991-ben Adorjáni László lelkipásztor összeszedte Magyarnemegyén a még meglévő orgona maradványokat és visszahozta a Kétágú templomhoz. Ezzel véget ért a jobb sorsra érdemes, két évszázados múltra visszatekintő orgona kálváriája.
Az orgona szekrénye jelenleg a déli karzaton található. Visszahozott darabjait szintén itt és a torony alatti helyiségben őrizgeti az egyházközség.
Lukács Endre–Dr. Sipos Gábor: A Kolozsvár–Alsóvárosi Református Egyházközség története (részlet)
